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#!/bin/sh
##########################################################################
# Script description:
# Run standard kallisto test data
#
# History:
# Date Name Modification
# 2016-03-21 J Bacon Begin
##########################################################################
usage()
{
printf "Usage: $0 test-directory\n"
exit 1
}
##########################################################################
# Main
##########################################################################
if [ $# != 1 ]; then
usage
fi
dir="$1"
if [ -e "$dir" ]; then
printf "$dir already exists. Remove it first or choose a different name.\n"
exit 1
fi
cp -iR /usr/local/share/kallisto/test/ "$dir"
cd "$dir"
kallisto index -i transcripts.idx transcripts.fasta.gz
kallisto quant -i transcripts.idx -o output -b 100 reads_1.fastq.gz reads_2.fastq.gz
ls -l output
more output/abundance.tsv
cat << EOM
See https://pachterlab.github.io/kallisto/starting.html for instructions
on interpreting the output above.
EOM
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